Genetic diversity among Banana streak virus isolates from Australia

• Authors : Geering, A.D.W.; McMichael, L.A.; Dietzgen, R.G.; Thomas, J.E.


• Document type : Journal article


• Year of publication : 2000


• Journal title : Phytopathology


• Volume (number) : 90 (8)




• Pages : 921-927


• Peer-reviewed : Yes


• ISSN : 0031-949X


• Language(s) : English


• Abstract : Banana streak virus (BSV) is an important pathogen of bananas and plantain (Musa spp.) throughout the world. We have cloned and sequenced part of the genomes of four isolates of BSV from Australia, designated BSV-RD, BSV-Cav, BSV-Mys, and BSV-GF. These isolates originated from banana cvs. 'Red Dacca', 'Williams', 'Mysore', and 'Goldfinger', respectively. All clones contained a sequence covering part of open reading frame III and the intergenic region of the badnavirus genome. The sequences were compared with those of other badnaviruses, including BSV-Onne, a previously characterized isolate from Nigeria. The BSV-RD sequence was virtually identical to that of BSV-Onne, differing by only two nucleotides over 1,292 bp. However, BSV-Cav, -Mys, and -GF were divergent in nucleotide sequence. Phylogenetic analyses using conserved sequences in the ribonuclease H domain revealed that all BSV isolates were more closely related to each other than to any other badnavirus. BSV-Cav was most closely related to BSV-Onne, and there was 95.1 percent identity between the two amino acid sequences. Other relationships between the BSV isolates were less similar, with sequence identities ranging from 66.4 to 78.2 percent, which is a magnitude comparable to the distance between some of the recognized badnavirus species. Immunocapture-polymerase chain reaction assays have been developed, allowing specific detection and differentiation of the four isolates of BSV (Author's abstract).
  
  [Le virus de la mosaïque en tirets (BSV) est un pathogène important des bananiers et bananiers plantain (Musa spp.) dans le monde. Nous avons cloné et partiellement séquencé le génome de quatre isolats de BSV australiens, BSV-RD, BSV-Cav, BSV-Mys et BSV-GF. Ces isolats proviennent respectivement des cultivars de bananier 'Red Dacca', 'Williams', 'Mysore' et 'Goldfinger'. Tous les clones comprenaient une séquence recouvrant partiellement le cadre ouvert de lecture III et la région intergénique du génome du badnavirus. Les séquences ont été comparées avec celles d'autres badnavirus, y compris BSV-Onne, un isolat du Nigeria précédemment caractérisé. La séquence BSV-RD a été presque identique à celle du BSV-Onne, différant seulement par deux nucléotides de 1,292 bp. Cependant, BSV-Cav, -Mys, et -GF ont montré des séquences de nucléotides divergentes. Les analyses phylogénétiques des séquences conservées du domaine H de la ribonucléase ont révélé que tous les isolats BSV ont été plus étroitement reliés entre eux qu'à n'importe quel autre badnavirus. BSV-Cav a été plus étroitement relié à BSV-Onne, avec une homologie de séquence de 95,1 pourcent. D'autres corrélations entre les isolats du BSV ont été moins nettes, avec des homologies de séquence allant de 66,4 à 78,2 pourcent, ordre de grandeur comparable à la distance entre les espèces de badnavirus reconnus. Des essais de réaction de polymérisation en chaîne avec immunocapture ont été développés, permettant la détection spécifique et la discrimination de quatre isolats de BSV (Résumé d'auteur).]
  
  [El virus del rayado del banano (BSV) es un patógeno importante de bananos y plátanos (Musa spp.) a través de todo el mundo. Hemos clonado y secuenciado parte de los genomas de cuatro aislados del BSV de Australia, designados como BSV-RD, BSV-Cav, BSV-Mys y BSV-GF. Estos aislados se originaron en los cultivares de banano 'Red Dacca', 'Williams', 'Mysore' y 'Goldfinger', respectivamente. Todos los clones contenían una parte que cubría la secuencia del marco de lectura abierta III y la región intergénica del genoma de badnavirus. Las secuencias se compararon con las de otros badnavirus, incluyendo el BSV-Onne, un aislado caracterizado previamente proveniente de Nigeria. La secuencia BSV-RD fue virtualmente idéntica a la del BSV-Onne, difiriendo en solo dos nucleótidos de 1,292 bp. Sin embargo, el BSV-Cav, -Mys y -GF resultaron divergentes en la secuencia nucleotídica. Los análisis filogenéticos utilizando secuencias conservadas en el dominio H de ribonucleasa revelaron que todos los aislados del BSV estaban relacionados más estrechamente uno con otro que con otros badnavirus. El BSV-Cav estaba relacionado más estrechamente con el BSV-Onne, y hubo 95.1 porciento de similtud entre las dos secuencias de aminoácidos. Otras relaciones entre los aislados del BSV fueron menos similares, con similitudes que variaron de 66.4 a 78.2 porciento, que es una magnitud comparable a la distancia entre algunas de las especies reconocidas de badnavirus. Se han desarrollado los análisis de reacción en cadena de polimerasa y de inmunocaptura que permiten la detección específica de los cuatro aislados del BSV (Resumen del autor).]


• Keywords : GENOMES; GENETIC VARIATION; PLANT DISEASES; IDENTIFICATION; NUCLEOTIDE SEQUENCE; BANANA STREAK VIRUS; PCR; AUSTRALIA


• Open access : Yes


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